R

Où couper un dendrogramme ?

Divers

La fonction best.cutree est maintenant disponible dans la package JLutils.

Dans le cadre d’une classification hiérarchique, il n’est pas toujours aisée de déterminer le nombre adéquat de classes à retenir.

Le package FactoMineR, dans le cadre de sa fonction HCPC, suggère d’utiliser la partition ayant la plus grande perte relative d’inertie. La fonction best.cutree ci-dessous permet de calculer ce critère à partir de n’importe quel dendrogramme, qu’il ait été calculé avec hclust ou agnes.

  • hc : dendrogramme renvoyé par hclust ou agnes
  • min : nombre minimum de classes
  • max : nombre maximum de classes
  • loss : si égal à TRUE, renverra la liste des pertes d’inertie relatives plutôt que la meilleure partition
  • graph : si égal àTRUE, affichera un graphique des pertes d’inertie relatives, la meilleure partition étant représentée par un point noir et la seconde par un point gris

Exemples :

PNG - 3.5 ko