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prevR 2

vendredi 2 mars 2007
Mis à jour le jeudi 31 janvier 2013

See below for a presentation in English.

Présentation

prevR se présente sous la forme d’un package additionnel pour le logiciel de statistiques libre et gratuit R (http://www.r-project.org/). Il permet d’importer les données, de les formater, puis de cartographier les tendances régionales d’une prévalence. Les résultats peuvent ensuite être exportés vers d’autres logiciels de statistiques ou des logiciels de cartographie.

prevR a été développé par Joseph Larmarange avec l’appui financier de l’ANRS (Agence Nationale de Recherche sur le Sida et les hépatites virales) et de l’IRD (Institut de Recherche pour le Développement, en collaboration avec le Centre Muraz au Burkina Faso et l’appui technique de LYSIS.

prevR est distribué sous la licence CeCILL-C.

Les méthodologies implémentées dans prevR ont été décrites dans Larmarange Joseph, Vallo Roselyne, Yaro Seydou, Msellati Philippe, Méda Nicolas (2011). “Méthodes pour cartographier les tendances régionales de la prévalence du VIH à partir des Enquêtes Démographiques et de Santé (EDS)”, Cybergeo  : European Journal of Geography, 539 (http://cybergeo.revues.org/23782), RIS, BibTeX. .

Téléchargement et installation

prevR a été entièrement réécrit afin de produire une version 2 plus facile d’utilisation et offrant plus de possibilités.

prevR est désormais disponible sur CRAN. Pour l’installer, il vous suffit d’utiliser la commande Packages > Installer le(s) package(s)... sous R. prevR et ses dépendances seront alors directement téléchargés et installés.

Sur la page de prevR sur CRAN, vous trouverez le manuel de référence des fonctions de prevR à la fois en anglais et en français.

Utilisez la commande require(prevR) pour charger prevR. demo(prevR) vous permet d’afficher une démonstration rapide des possibilités du package, ?prevR vous donne accès à l’aide en ligne en anglais et vignette('prevR-FR') vous permet d’afficher l’aide en français.

Support

Si vous avez des questions sur prevR 2, vous pouvez laisser un commentaire ci-dessous.

Presentation in English

prevR is a package for the free and open-source statistical software R (http://www.r-project.org/). prevR allows spatial estimation of a prevalence surface or a relative risks surface, using data from a Demographic and Health Survey (DHS) or an analog survey. Data can be easily imported and exported from and to other statistical or cartographic software.

prevR 2 has been developed by Joseph Larmarange, in a partnership with Centre Muraz in Burkina Faso, with fundings from the French National Agency for Research on AIDS and Viral Hepatitis (ANRS) and the French Research Institute for Development
(IRD), and technical support from LYSIS.

prevR 2 is available under the licence CeCILL-C.

Methodologies implemented in prevR 2 has been published in Larmarange Joseph, Vallo Roselyne, Yaro Seydou, Msellati Philippe, Méda Nicolas (2011). “Methods for mapping regional trends of HIV prevalence from Demographic and Health Surveys (DHS)”, Cybergeo  : European Journal of Geography, 558, doi: 10.4000/cybergeo.24606 (http://cybergeo.revues.org/24606), RIS, BibTeX.

Download and install

prevR has been completely rewritten for version 2, easier to use and including new method (kernel density estimation).

prevR is now available on CRAN. To install it, simple use the command Packages > Install package(s)... in R. prevR and all its dependencies will be downloaded and installed.

On prevR’s page on CRAN, you can download the reference manual both in English and French.

Use the command require(prevR) to load prevR, demo(prevR) for a demo, ?prevR for help.

Assistance

If you have any question about prevR 2, simply write a comment bellow.

Commentaires

  • Le 8 avril 2013 à 04:37, par allan

    Dear joseph
    thanks for the links all worked out perfectly, but i was wondering how do i get to export my interpolated maps into Arcgis from PrevR, secondly there are some DhS variable like motality, Hiv prev,malnutrition whose indicators i seem not to find in the data yet they are reported in the DHS report (DHS report uganda 2011)... could it be that i have made an error some where or...?
    will be glad to hear from u
    kind Regards
    Allan

    • Le 12 avril 2013 à 14:29, par Joseph LARMARANGE

      Dear Allan,

      sorry for my late answer but I was travelling.

      You can export interpolated grids to ArcGis using the function writeAsciiGrid from the package MapTools.

      Some data as infant mortality need to be calculated from a children dataset. If this dataset is not already available, you need to create it from the Women dataset. You should check on www.measuredhs.com for more details.

      In some occasion, you need to prepare your data yourself (in a statistical software) before to do your analysis with R.

      Regards

      Répondre à ce message

  • Le 6 février 2013 à 13:48, par Joseph LARMARANGE

    Someone ask me if it is possible to use own boundaries. The answer is yes with the function as.prevR.

    The best is to save your own boundaries as shape file of polygons and to import it in R with the function readShapePoly (package maptools). Don’t forget to define the projection used in your shapefile. The best would be to use the same projection than your data.

    If you have already imported your data in R using the function import.dhs, there is an easy way to change the boundary used. If we call old the prevR object obtained from import.dhs, my.boundaries your own boundaries imported with readShapePoly and new the new prevR object using the data from old with your own boundaries, simply use the following code :

    • Le 1er mai 2013 à 18:08, par Michael

      I was able to save my own boundary using the maptools and the readShapePoly function. I could also visualize the new boundary using the spplot () function. However, when I am trying to create a prevalence surface I am not able to use my own boundary by using the code that you provided above. When I import my DHS data using the import.dhs function I always have to select a boundary from your list in the final step. If I try to use your code, then I get an error message telling me that the object « old » doesn’t exist. Could you provide a little bit more detail how to use my own boundaries ?! Thanks !!!!

    • Le 1er mai 2013 à 19:35, par Joseph LARMARANGE

      old is supposed to be the object obtained with import.dhs (as it was written in my previous answer).

      So, use first import.dhs (and when asked to select the country, choose anyone). Put the result in the variable old and then use the proposed code. The purpose of this code is to replace the default boundary provided by import.dhs by your own boundary file.

      The other option is to import and prepare by yourself the data from your DHS and then use as.prevR.

      In all cases, don’t forget to verify what is the projection used in your own boundary file.

      Répondre à ce message

  • Le 5 février 2013 à 12:12, par Janina

    Maybe some of you have problems with the import.dhs function as for some countries there is a bug. For me it worked to open the GPS data in ArcGIS 10, add a new field for example use the name « cluster_new » with the settings « double », precision « 16 » and scale « 0 ». Calculate the field by just using the values of the normal « cluster » field.
    For me it worked for all countries where I have had problems with the import.

    Répondre à ce message

  • Le 27 mars 2012 à 12:11, par Ulises

    Bonjour Joseph,

    Can we use prevR to analyze the prevalence of diarrhea and fever in children under 5 ?

    Merci,

    Ulises

  • Le 16 janvier 2012 à 13:07, par Joseph LARMARANGE

    Bonjour,
    je viens d’effectuer l’installation de prevR sur votre version de R. Effectivement, il y a eu un petit problème (une simple histoire de majuscules).

    En premier lieu, assurez-vous que les autres packages nécessaires ont bien été installés.

    En second lieu, regardez le répertoire C:\Users\Joseph\Documents\R\win-library\2.14 (Note : remplacez Joseph par votre nom utilisateur) ou C:\Program Files\R\R-2.14.1\library. Dans l’un de ces deux répertoires, y a-t-il un sous-répertoire prevR ? si oui, le R est-il en majuscule ? Si non, passez le R en majuscules.

    S’il n’y a pas de sous-répertoire prevR, alors re-télécharger le fichier source de prevR : http://www.ceped.org/IMG/zip/prevr.zip. Une fois le ZIP télécharger, renommer le pour transformer le r minuscule en R majuscule. Essayez à nouveau d’installer prevR à partir du fichier Zip.

    Concernant le problème de majuscules sur le serveur du CEPED, je vais essayer de le régler.

    • Le 16 janvier 2012 à 15:55, par Btissam

      Merci beaucoup pour votre réponse.
      Effectivement le problème est réglé en renommant le fichier dans le répertoire : C :\Program Files\R\R-2.14.1\library.
      Cordialement

      Répondre à ce message

  • Le 16 janvier 2012 à 11:03, par Btissam

    Version R : R 2.14.1
    Système d’exploitation:Windows XP
    j’ai aussi essayé de l’installer sur un pc équipé de Windows Seven mais j’ai le même message d’erreur

    Répondre à ce message

  • Le 15 janvier 2012 à 15:33, par Btissam

    Bonjour,
    Je ne peux installer PrevR j’ai le message d’erreur suivant :

    Erreur dans read.dcf(file.path(pkgname, « DESCRIPTION »), c(« Package », « Type »)) :
    impossible d’ouvrir la connexion
    De plus : Message d’avis :
    In read.dcf(file.path(pkgname, « DESCRIPTION »), c(« Package », « Type »)) :
    impossible d’ouvrir le fichier compressé ’prevr (1)/DESCRIPTION’, cause probable : ’No such file or directory’

    Que me conseillez vous comme démarche pour y remédier ?
    Cordialement

    • Le 15 janvier 2012 à 16:22, par Joseph LARMARANGE

      Pourriez-vous préciser :

      1. votre version de R ?
      2. votre système d’exploitation ?
    • Le 16 janvier 2012 à 11:04, par Btissam

      Version R : R 2.14.1
      Système d’exploitation:Windows XP
      j’ai aussi essayé de l’installer sur un pc équipé de Windows Seven mais j’ai le même message d’erreur

      Répondre à ce message

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